Image    Planeta

11 juny 2016 - 21:05

This article first appeared in redcedar. Also in a summarised version in Ellipse PRBB magazine.

It’s been almost a decade since the term “Open Sciencefirst appeared in Wikipedia. The page was created by Aaron Swartz and initially redirected to the “Open Access” entry. Some years later this young activist committed suicide as a result of the pressure from the judicial charges against him after having uploaded many privative licensed articles to the Internet.

open scienceopen accessopen source
1 abr 2016 - 22:59

In a previous post I detailed how to set up a web-based streaming from a Raspberry Pi device. After having updated Raspbian to its latest stable version, jessie, I thought it could be a good moment for reconsidering the streaming approach I was using.

videoraspberrypihtml5
22 gen 2016 - 18:01

Gràcies a la feina del Sergio Oller, s'ha simplificat moltíssim l'ús i instal·lació de les veus catalanes del Festival que explicàvem fa uns anys.

Ara hi ha prou amb fer el següent:

sudo add-apt-repository ppa:zeehio/festcat (1)
sudo apt-get update
sudo apt-get install festival-ca festvox-ca-ona-hts festcat-utils
festcat_llegeix <<< "Les veus catalanes s'han instal·lat correctament."
Això és vàlid per a Ubuntu, Debian i sabors derivats.

I aquí podeu provar els resultats: http://festcat.talp.cat/demo.php

Ara cal que algú s'animi a adaptar-les per a mòbils.

Referències:
http://festcat.talp.cat/readme.php

(1) Ja no cal afegir el repositori. És al tronc principal. 22-1-2016
13 nov 2015 - 06:52
10 ag 2015 - 20:42

A few weeks ago I finally had my dissertation (PhD) defence. Below you can see the shown slides (in Catalan), trying to touch in around 3/4 hour many of the different involved works.

One of the mentioned topics was protein moonlighting (or multitasking), that is, the property that some protein molecules may have additional functions or roles apart from the one that is primarily annotated or known. As example, the group in which I worked during my PhD studies is actually keeping an exhaustive list of these cases.

This usage can be considered as a kind of metaphor of the original moonlighting term. As it can be read in Urban Dictionary, it refers to the fact of having an additional job, normally during moonlit hours (at night).

For a non-native English speaker it's always hard to know how popular certain words or expressions are. It was funny to learn that at least this word seemed to exist already during the 1970s in the USA. However, as we can see during a conversation of the main character of Taxi Driver, not all people may have been fully familiar with it.

bioinformaticsIn Englishcinema
10 ag 2015 - 10:45

Around one year and a half ago I started some testing with graph databases (Neo4j so far) and I used Gene Ontology and NCBI taxonomy datasets as sample cases. I explained my experience in this presentation by February 2015:

After a while, I finally found time to update my importing scripts and API Java extension so they could work with newer versions of Neo4J and Py2neo (2.2.3 and 2.0.7 at the time of writing).

Regarding Py2neo, I noticed that Neo4j REST API seems to rely more explicitly on Cypher queries that it did in the past. With the help of this article about multiprocessing in Python and Py2neo, and after several tries, I managed to get importing work within acceptable time.

As final tips, if you plan to use similar approaches with your own data, I would suggest to create nodes and populate their properties at the same time (keeping data in memory if necessary). I also noticed that trying to create relationships with multiple parallel processes fails, so keep only one worker for these steps.

bioinformaticsneo4jIn English
1 abr 2015 - 00:06

L'11 de març de 2015 van complir-se 20 anys del llançament del que molts consideren millor videojoc de la història, Chrono Trigger. El joc, un RPG japonès desenvolupat per l'empresa Square (després Square Enix), relata la història d'uns personatges d'una realitat que recorda l'Edat moderna europea, que viatgen al llarg del temps per salvar el món d'un futur apocalíptic. Es va comercialitzar per a la consola Super Nintendo el 1995 primer a Japó i pocs mesos després als Estats Units. Malauradament, no va arribar a distribuir-se mai a Europa (com tampoc a la resta del territori PAL).

chrono triggervideojocs
27 febr 2015 - 18:56
Bueno, después de días intentando lo he conseguido rootear y cambiar la rom. Soy un inepto para estas cosas, pero como lo he conseguido voy a subir un tutorial con imágenes paso a paso. Eso es, un tutorial hecho por un inepto para ineptos. Iré actualizando a medida que gentes mas entendidas aporten.

INTRO
Lo primero que tenemos que hacer es preguntarnos que hacemos aquí. Hilo para desarrolladores, suena muy bien pero, ¿para que sirve todo esto del root y las ROM personalizada?

-A mi humilde entender el root sirve para toquetear y hacer cosas obscuras. Eso es que cuando tu compras un aparato viene con un sistema que limita tus opciones. Con el root tienes permiso para hacer lo que te de la gana. Es como ser el hijo de Bill Gates y cumplir 18 añitos, tienes mucho poder, pero puedes liarla parda.
 -En el tema de la ROM ya me pierdo un poquito mas, pero por lo poco que se, diria que es cambiar el modo como organizas tu casa, eliminar habitaciones para que otra habitación sea mas ancha y poner los muebles que tu quieras. O modificar las diferentes partes del sistema base para que ocupen menos y den mas espacio para otras aplicaciones o que le den mas margen de actuación a la RAM.


¿Para flashear (cambiar la ROM), tengo que rootear antes la tablet?

-Como muy bien me han corregido, son dos cosas muy distintas y una no es necesaria para la otra, así que lo que viene en adelante son dos tutoriales, uno para rootear, y otro para flashear, ambos sorprendentemente sencillos.

Ahora voy a empezar con el tutorial, si os ha asustado lo anterior os tengo que decir que esteis tranquilos. Primero por que no vais a tener que hacer prácticamente nada, tenemos gente maravillosa como OMA7144 y Pokemon Llavero que nos han hecho unas ROMs muy bonitas. Tambien tenemos gente como Akinator que ha hecho de conejillo de indias y se les agradece mucho, y mega-samu y otros que han movido mucho el tema y han agilizado las cosas. Gracias a todos.

Para empezar, teneis que tener claro que la tablet tiene dos entradas, una para cargar y otra para pasar datos, nosotros estaremos usando todo el rato la de pasar datos.
[IMG]http://i1077.photobucket.com/albums/w467/9ce439a1/EnchufesMiniUSB_zpsnzjcxqnn.png[/IMG]

Tutorial 1 :ROOT
Ahora vamos a empezar con el primer tutorial que es le del Root. Para ello hay un tutorial muy bueno y sencillo que simplemente voy a ilustrar con fotografias:

-PARA NOVATOS Y SOLO ROOTEARLA Y POCO MAS TUTORIAL DESORGANIZADO DE USUARIO AC6729 PREFERIBLE WINDOS 7. SI TIENES WINDOS 8 EN EL PASO 5 INSTALAR DRIVERS MIRA: [URL="http://www.identi.li/index.php?topic=144265"]AQUI[/URL]
1-Activar en la tablet depuración usb.
2-Descargar herramienta en el pc que contiene tanto el método de root sin el kinguser como los drivers adecuados. ENLACE: [url]https://mega[/url]. co.nz/#!mZwzUAyJ!6vjwnaqWGAvhm_HSMKTZHOXz1-4GQCnx0ZccVS3s9Zw     Ya sabeis copiar y pegar y quitar espacio entre mega. y co.
3-Descomprimir el archivo descargado.
4-Conectar la tablet encendida al puerto del pc, si no funciona el paso 5 hacer el paso 4 con la tablet apagada.
5-Abrid DriverInstall.exe y primero UNINSTALL driver (desinstalar) y luego instalar... aunque sea la primera vez que los instaláis, aunque estéis recién formateados... que luego no funcionan las cosas por malos drivers... si pide reiniciar reiniciáis. Volver a conectar  tablet apagada al pc y ahi debe reconocerla. Aseguraros que el cable al usb del pc funcione y mejor tener una microsd en la tablet para hacer un bachup despues, aconsejable microsd de 6gb.
7-Ejecutad Oma RK3026 Root and Dump.bat.Opcion 1 Rotead. La tablet se reiniciará y ya sereis root el rebootmenu instalado.
en el texto cuando ejecutes se vera un texto:
ROOT
Please wait...
* daemon not running. starting it now on port 5037 *
* daemon started successfully *
remount succeeded
Push su and busybox!
1501 KB/s (75364 bytes in 0.049s)
2480 KB/s (497964 bytes in 0.196s)
Install SuperSU
2779 KB/s (5872824 bytes in 2.063s)
Install RebootMenue
2517 KB/s (172716 bytes in 0.067s)
ROOT completed!
Presione una tecla para continuar . . .
7-Hacer backup, siempre con depuracion usb activado en la tablet: Encender la tablet conectada con usb al pc y nos reconocerá los drivers del paso 5... le damos su tiempo. Ejecutad Oma RK3026 Root and Dump.bat. Opcion 3  jelly bean images to external sdcar , la opcion  4 para kitkar sera para cuando consigamos instalarle a a la lamentablet el kitkar supongo :roto2::roto2:  Pues ya esta rooteada y con copia de seguridad. Copiad la copia de seguridad a un pendrive y este lo escondéis debajo de una losa del jardín dentro de un taper del ikea... si se pierde y se va todo al traste... lo necesitaréis. Luego no quiero lamenta-ciones con la lamentablet brickeada.
Recuperat de: http://www.forocoches.com/foro/showthread.php?t=4139656&page

1-Activar en la tablet depuración usb.



2-Descargar herramienta en el pc que contiene tanto el método de root sin el kinguser como los drivers adecuados. RootAndDumb   
3-Descomprimir el archivo descargado.

4-Conectar la tablet encendida al puerto del pc, si no funciona el paso 5 hacer el paso 4 con la tablet apagada.

5-Abrid DriverInstall.exe y primero UNINSTALL driver (desinstalar) y luego instalar... aunque sea la primera vez que los instaláis, aunque estéis recién formateados... que luego no funcionan las cosas por malos drivers... si pide reiniciar reiniciáis. Volver a conectar  tablet apagada al pc y ahi debe reconocerla. Aseguraros que el cable al usb del pc funcione y mejor tener una microsd en la tablet para hacer un bachup despues, aconsejable microsd de 6gb.


6-Ejecutad Oma RK3026 Root and Dump.bat.Opcion 1 Rotead. La tablet se reiniciará y ya sereis root el rebootmenu instalado.


en el texto cuando ejecutes se vera un texto:
ROOT
Please wait...
* daemon not running. starting it now on port 5037 *
* daemon started successfully *
remount succeeded

Push su and busybox!
1501 KB/s (75364 bytes in 0.049s)
2480 KB/s (497964 bytes in 0.196s)

Install SuperSU
2779 KB/s (5872824 bytes in 2.063s)

Install RebootMenue
2517 KB/s (172716 bytes in 0.067s)

ROOT completed!

Presione una tecla para continuar . . .

7-Hacer backup, siempre con depuracion usb activado en la tablet: Encender la tablet conectada con usb al pc y nos reconocerá los drivers del paso 5... le damos su tiempo. Ejecutad Oma RK3026 Root and Dump.bat. Opcion 3  jelly bean images to external sdcar , la opcion  4 para kitkar sera para cuando consigamos instalarle a a la lamentablet el kitkar supongo :roto2::roto2:  Pues ya esta rooteada y con copia de seguridad. Copiad la copia de seguridad a un pendrive y este lo escondéis debajo de una losa del jardín dentro de un taper del ikea... si se pierde y se va todo al traste... lo necesitaréis. Luego no quiero lamenta-ciones con la lamentablet brickeada.

Tutorial 2: flasheo de la ROM personalizada


Para instalar la ROM necessitamos saber de antemano cual es nuestra version del kernel. Eso se hace de la siguiente
manera:

1.-Vamos a ajustes/ configuracion.
2.-Vamos a la pestaña de "informacion" y alli buscamos la version del kernel


Una vez sepamos la version del kernel tenemos que proceder con la descarga de los elementos.

3.-Haciendo click en este link descargamos los archivos y el programa para instalar la version 1.1a de la ROM  y en este otro link, los de la 1.2 .Los descomprimimos en la carpeta que queramos.
4.- Abrimos la carpeta "Rockdev" y alli pegamos el archivo correspondiente a nuestro kernel y lo substituimos por el archivo original. Para hacer esto, primero descomprimimos el archivo y luego lo desplazamos a la carpeta "Rockdev"  El archivo de nuestro kernel lo podeis descargar de los siguientes enlaces.

  #436 Kernel #436
  #442 Kernel #442
  #445 Kernel #445

5.-Ahora hemos de conectar la tablet al PC ( des del enchufe de datos ;) )
6-Abrid DriverInstall.exe y primero UNINSTALL driver (desinstalar) y luego instalar... aunque sea la primera vez que los instaláis, aunque estéis recién formateados... que luego no funcionan las cosas por malos drivers... si pide reiniciar reiniciáis. Volver a conectar  tablet apagada al pc y ahi debe reconocerla.

7.-Una vez hecho esto, abrimos la carpeta "RKAndroidTool" y reproducimos el archivo "AndroidTool.exe"
8.-Ponemos la tablet en modo reboot, para ello pulsamos el boton de reset ( al lado del volumen) y cuando se apague la tablet apretamos la tecla de subir el volumen y, mientras la mantenemos apretada, presionamos la tecla de encendido. Veremos que en el programa AndroidTools sucedera un cambio y aparecera que ha reconocido un aparato "loader".



9.-Le damos run, y rezamos para que todo este bien!


Aquí esta la pagina donde se publican  las versiones con sus actualizaciones .

19 febr 2015 - 23:14

Per tal de preparar la Viquimarató de Bioinformàtica que tindrà lloc el proper divendres 27 de febrer de 2015 a Barcelona, una de les coses a fer és tenir preparat un llistat d'articles (inicial aquí) que suggerirem als participants perquè hi puguin treballar (sigui tant ampliant-los com creant-los de bell nou).

wikipediaviquipèdiabioinformàtica
1 febr 2015 - 16:47

Fa una setmana, a l'acte de DebatCatDigital de Palafrugell, comentava que hi ha molts casos d'ús, actualment relativament simples a nivell tècnic, com ara xats, que acabem emprant en serveis externs i on potser llavors esdevenim carn de dades quan aquests se'ns ofereixen de forma gratuïta.

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